| 0.1.0 |
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#25 in #sites
8KB
82 代码行
count_constant_sites
给定一个包含核酸多序列比对的FASTA文件，该工具计算比对中恒定位点的数量。输出是IQTREE的-fconst可用的行，因此用逗号分隔的4个数字表示A、C、G和T的数量。
恒定位点是整个比对列都是单个核苷酸的位置。此工具不区分大小写。仅考虑A、C、T和G（即间隙和不确定核苷酸不考虑）。
待办事项
- 扩展以支持蛋白质字母表
依赖项
~2–2.8MB
~48K SLoC
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#25 in #sites
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给定一个包含核酸多序列比对的FASTA文件，该工具计算比对中恒定位点的数量。输出是IQTREE的-fconst可用的行，因此用逗号分隔的4个数字表示A、C、G和T的数量。
恒定位点是整个比对列都是单个核苷酸的位置。此工具不区分大小写。仅考虑A、C、T和G（即间隙和不确定核苷酸不考虑）。
待办事项
~2–2.8MB
~48K SLoC