Exon是一个用于生命科学应用的分析工具包。它具有以下特点：

• 支持生物信息学、蛋白质组学和其他领域的多种文件格式
• 支持本地文件系统和对象存储
• 支持多语言访问的Arrow FFI原语
• 基于SQL的生物信息数据访问 — 支持通用DML和一些DDL

请注意，Exon最近从一个大库中分离出来，因此请耐心等待我们清理工作完成。如果您在此期间有任何评论或问题，请提交问题。

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安装

Exon可通过crates.io获取。要安装，运行

cargo add exon

用法

Exon设计为作为库使用。例如，要读取FASTA文件

use exon::context::ExonSessionExt;

use datafusion::prelude::*;
use datafusion::error::Result;

let ctx = SessionContext::new_exon();

let df = ctx.read_fasta("test-data/datasources/fasta/test.fasta", None).await?;

有关更多信息，请参阅rust文档。

文件格式

[^1]: 使用bgzip而不是gzip。[^2]: mzML也有效。

相关项目

• Exon R绑定
• BioBear

设置

Exon使用以下设置

您可以通过运行以下命令更新设置：

SET <setting> = <value>;

例如，要禁用VCF INFO字段的解析

SET exon.vcf_parse_info = false;

基准测试

请参阅基准测试 README获取更多信息。