#xtc #分子动力学 #gromacs

app xtcat

快速 XTC 文件连接器

2 个版本

0.3.2 2023年10月14日
0.3.1 2023年6月22日
0.3.0 2023年6月22日
0.2.0 2023年2月3日

#609 in 科学

MIT 许可证

11KB
166 代码行

xtcat: 快速 XTC 文件连接器

xtcat 应仅用于连接直接紧随其后的模拟运行生成的 xtc 文件。实际上,xtcat 只是一个稍微智能一点的 cat,因为它将所有 xtc 文件连接在一起,同时除了第一个文件外,从每个 xtc 文件中删除轨迹的第一个帧。换句话说,xtcat 假设连接轨迹的第一个帧与之前轨迹的最后一帧相同(但不会以任何方式检查这一点是否为真),并删除它以避免重复帧。

安装

  1. 安装 rust
  2. 运行 cargo install xtcat

示例用法

xtcat -f md0001.xtc md0002.xtc md0003.xtc -o md_cat.xtc

程序将连接文件 md0001.xtcmd0002.xtcmd0003.xtc,并将输出写入 md_cat.xtc。来自 md0002.xtcmd0003.xtc 的第一个轨迹帧将从输出中删除。输入文件将不会以任何方式排序,无论是按名称还是按开始时间。输入文件将不会被修改。

如果您不希望 xtcat 打印到标准输出,请使用标志 -s。错误仍将打印到 stderr

局限性

仅在 Linux 上进行了测试,但应适用于任何地方。

依赖关系

~1–12MB
~90K SLoC