minitpr：用于读取 Gromacs TPR 文件的库

minitpr 是一个纯 Rust 库，旨在解析 Gromacs tpr 文件，重点关注提取系统拓扑和结构。

功能和限制

• 支持解析从版本 103 及以上版本的 tpr 文件（Gromacs 5.1 及以后版本）。
• 提取系统拓扑和结构：原子及其基本属性（包括位置、速度和力），以及原子之间的键（包括分子间键）。
• 不支持 解析力场和模拟参数，也不提供写入 tpr 文件的功能。

使用方法

要将 minitpr 包含到您的项目中，请使用 Cargo 添加它作为依赖项

cargo add minitpr

解析 tpr 文件

解析 tpr 文件并处理潜在错误的示例用法

use minitpr::TprFile;

fn main() {
    let tpr = match TprFile::parse("topol.tpr") {
        Ok(file) => file,
        Err(error) => {
            eprintln!("{}", error);
            return;
        },
    };

    // now you can work with the `tpr` object, accessing its properties and data
    // for instance, to iterate through the atoms of the molecular system, use:
    for atom in tpr.topology.atoms.iter() {
        // perform some operation with the atom
    }
}

数据结构

TprFile 结构封装以下信息

• 头部：关于 tpr 文件的数据（见 TprHeader 结构）。
• 分子系统名称：模拟系统的名称。
• 模拟盒子尺寸：如果存在，则存在于 SimBox 结构中。
• 系统拓扑：包含原子和键的分子系统的拓扑（见 TprTopology 结构）。

在系统拓扑中表示的每个原子（见 Atom）包括

• 原子名称。
• 顺序原子编号，从 1 开始。
• 残基名称。
• 顺序残基编号，从 1 开始。
• 质量。
• 电荷。
• 元素（如果无法识别，则为 None）。
• 位置（如果不存在，则为 None）。
• 速度（如果不存在，则为 None）。
• 力（如果不存在，则为 None）。

特性

序列化/反序列化

在安装期间添加特性标志以启用（反）序列化支持 TprFile，使用 serde

cargo add minitpr --features serde

许可证

minitpr 可以根据您的选择在 Apache License 2.0 或 MIT 许可证 下开源。

免责声明

由于存在大量不同的力场、模拟参数和Gromacs选项，全面测试minitpr库非常困难。如果您能以测试、具有不寻常参数的tpr文件或新功能的形式提供贡献，我们将非常欢迎。

如果库无法解析您的tpr文件，但您认为它应该能够解析，请打开GitHub问题并上传您的tpr文件。