groslicer—通过处理行流切片gro文件

一个小巧简单的工具，可以根据一组最小和最大 x、y、z 坐标来切片gro文件。输入结构文件的行逐行处理。如果位置在提供的范围内，则将该行原样写入输出结构文件。这意味着可以非常有效地切片非常大的结构，并且具有非常低的运行时内存需求，因为结构永远不会作为整体加载到内存中。

使用eigthyseven库处理gro原子行。

安装

cargo install --git 'https://git.sr.ht/~ma3ke/groslicer'

或者，从源代码构建它。

git clone https://git.sr.ht/~ma3ke/groslicer
cd groslicer
cargo install --path .

用法

Slice a structure.

Provide slice dimensions in nanometers.

Usage: groslicer [OPTIONS] <INPUT> <OUTPUT>

Arguments:
  <INPUT>
          Structure input path (gro)

  <OUTPUT>
          Structure output path (gro)

Options:
      --minx <MINX>
          

      --maxx <MAXX>
          

      --miny <MINY>
          

      --maxy <MAXY>
          

      --minz <MINZ>
          

      --maxz <MAXZ>
          

  -h, --help
          Print help (see a summary with '-h')

Marieke Westendorp，2024