shu

是什么？

文档：https://biosustain.github.io/shu/docs/ 网页部署：https://biosustain.github.io/shu

应用程序，用于将多维数据绘制到代谢图中。代谢图是代谢物作为节点、反应作为边的图。

为什么？

Escher 非常好。事实上，地图的格式与 escher 完全相同。然而，escher 只允许绘制 2 种 (+2 通过工具提示) 数据：反应数据和代谢物数据。 Shu 尝试提供至少 6 种绘图方式

• 反应大小。
• 反应颜色。
• 反应右侧。
• 反应左侧。
• 代谢物大小。
• 代谢物颜色。

(+2 通过悬停)

• 悬停反应。
• 悬停代谢物。

特别关注能够绘制 分布（不仅仅是点）和 n-条件。Escher 也有颜色和大小之间的区别，只是它们无法从 GUI 独立访问。

如何使用

Shu 通过网络应用程序（在 https://carrascomj.github.io/shu 的预览构建）和独立的本地应用程序进行分发。要使用后者，下载您操作系统的最新版本，如有必要请解压，然后作为可执行文件运行。

一旦发布，将提供 rust 包和 Python API 的文档。同时，Python 文档的预览可以在 https://carrascomj.github.io/shu/docs 找到。

从源代码构建（最新主提交）

安装 cargo 并运行

git clone https://github.com/biosustain/shu.git
cd shu
cargo install --path .

可能需要额外的依赖项。检查 bevy 设置，shu 使用 lld 来加速链接时间。

API 设计

Shu遵循像ggplot或plotnine这样的图形语法设计。有关完整类比，请参阅python API。特定实现是bevy中的实体组件系统。

• 每个美学都是一个组件（如Gsize，Gcolor等），包含其数据（见src/aesthetics.rs）。标识符存储在Aesthetic 组件中。
• 具有Aesthetic、其他aes组件和几何组件（如src/geom.rs中的GeomArrow、GeomMetabolite等）的实体由一个系统（在src/aesthetics.rs中）处理和绘图。
• 给定几何接受的美学在系统的查询中明确。

数据处理（df和map_file）位于src/data.rs和src/escher.rs中，而GUI组件位于src/gui.rs中。

许可证

版权所有 2023 Novo Nordisk Foundation 生物可持续性中心。

根据以下之一获得许可：

• Apache License，版本2.0（LICENSE-APACHE或http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0）
• MIT许可证（LICENSE-MIT或http://opensource.org/licenses/MIT）

任选其一。

贡献

除非你明确表示，否则任何有意提交以包含在你根据Apache-2.0许可证定义的作品中的贡献，都应如上所述双许可，不得附加任何额外条款或条件。