proteinogenic

将蛋白质序列生成化学结构为SMILES字符串。

🔌 使用方法

此crate基于purr，一个提供读取和写入SMILES原语crate。

使用AminoAcid枚举来编码序列残基，并使用proteinogenic::smiles构建SMILES字符串。例如使用divergicin 750

extern crate proteinogenic;

let residues = "KGILGKLGVVQAGVDFVSGVWAGIKQSAKDHPNA"
  .chars()
  .map(proteinogenic::AminoAcid::from_char)
  .map(Result::unwrap);
let s = proteinogenic::smiles(residues)
  .expect("failed to generate SMILES string");

可以通过使用Peptide结构体来配置肽的渲染来执行附加修改。目前支持二硫键、链内桥以及头尾环化。例如，我们可以生成环肽如kalata B1的SMILES字符串

extern crate proteinogenic;

let residues = "GLPVCGETCVGGTCNTPGCTCSWPVCTRN"
  .chars()
  .map(proteinogenic::AminoAcid::from_char)
  .map(Result::unwrap);

let mut p = proteinogenic::Protein::new(residues);
p.cyclization(proteinogenic::Cyclization::HeadToTail);
p.cross_link(proteinogenic::CrossLink::Cystine(5, 19)).unwrap();
p.cross_link(proteinogenic::CrossLink::Cystine(9, 21)).unwrap();
p.cross_link(proteinogenic::CrossLink::Cystine(14, 26)).unwrap();

let s = p.smiles()
  .expect("failed to generate SMILES string");

此SMILES字符串可以与其他化学信息学工具包一起使用，例如OpenBabel，它可以生成PNG图

请注意，proteinogenic不仅限于构建SMILES字符串；它实际上可以使用任何purr::walk::Follower实现者来生成蛋白质公式的内存表示。如果你的代码已经与purr兼容，那么你将能够轻松地使用蛋白质序列。

extern crate proteinogenic;
extern crate purr;

let sequence = "KGILGKLGVVQAGVDFVSGVWAGIKQSAKDHPNA";
let residues = sequence.chars()
  .map(proteinogenic::AminoAcid::from_char)
  .map(Result::unwrap);

let mut builder = purr::graph::Builder::new();
proteinogenic::visit(residues, &mut builder);

builder.build()
  .expect("failed to create a graph representation");