gtf2json

一个简单的 CLI 工具，用于将 GTF 文件转换为 NDJSON 以快速解析

摘要

GTF 文件格式在与 bedtools 一起使用时非常好，因为它实际上是 BED 文件格式的修改版本。

然而，如果您对注释列感兴趣，解析它可能是一个巨大的头疼问题 - 尤其是在处理整个基因组时。

我编写了这个工具，将 GTF 文件格式转换为可流式传输的换行符分隔的 JSON。

这使得在 Python 中使用 polars 非常方便，并且可以快速加载并跳过所有注释解析。

安装

您可以使用 rust 包管理器 cargo 安装此软件。

cargo install gtf2json

用法

# classic i/o
gtf2json -i <input.gtf> -o output.json

# write to stdout
gtf2json -i <input.gtf>