创建石墨烯和其他用于分子动力学模拟的衬底。

这是一个个人项目，旨在帮助我为我研究中的模拟系统进行设置。它专注于Gromacs使用的格式。

用法

USAGE:
    grafen [OPTIONS]

FLAGS:
    -h, --help       Prints help information
    -V, --version    Prints version information

OPTIONS:
    -d, --database <PATH>    Path to database
    -o, --output <PATH>      Output GROMOS configuration file (conf.gro)
    -t, --title <STR>        Title of output system

可用的衬底

衬底定义从 JSON 数据库中读取。一个示例在 include/database.json 中提供。此数据库包含一些残基和以下衬底定义

石墨烯

一个碳原子单层，以六边形蜂窝结构排列。每个原子之间的间距为 0.142 nm。

二氧化硅

一个刚性的 SiO2 分子单层，以三斜晶系排列，两个基向量上的间距为 0.450 nm，它们之间的角度为 60 度。

开发

见文档。

许可证

该程序未经许可。有关详细信息，请参阅unlicense.org。