CPPM 生成器

概述

这是一个单独的命令行工具，生成球形的带电多孔粒子模型 (CPPM)，模拟生物胶体粒子，例如球蛋白。下面的图像显示了从 https://doi.org/10.1063/1.4928077 中取出的相互作用的 CPPM 示例。

cppm-generator 通过在球面上放置中性、正性和负性粒子来生成 CPPM，并使用 Metropolis-Hastings 蒙特卡洛采样最小化（自由）能量。

安装

$ cargo install cppm-generator

用法

默认参数生成与该出版物中表 1 的 P00 类似的各向同性、带电粒子。也可以使用 --dipole 选项强制一个目标分子偶极矩。

$ cppm-generator --help

USAGE:
    cppm-generator [OPTIONS] --file <FILE>

OPTIONS:
    -b, --bjerrum-length <BJERRUM_LENGTH>    Bjerrum length (Å) [default: 7.0]
    -h, --help                               Print help information
    -m, --minus <NUM_MINUS>                  Number of negative (-1e) particles [default: 37]
    -N <NUM_TOTAL>                           Total number of particles [default: 643]
    -o, --file <FILE>                        Output structure (.xyz or .pqr)
    -p, --plus <NUM_PLUS>                    Number of positive (+1e) particles [default: 29]
    -r, --radius <RADIUS>                    Sphere radius (Å) [default: 20.0]
    -s, --steps <STEPS>                      Number of Monte Carlo iterations [default: 10000]
    -u, --dipole <TARGET_DIPOLE_MOMENT>      Target dipole moment (Debye)
    -V, --version                            Print version information

详细信息及状态

• 球面上的随机游走使用球坐标
• 使用库仑/软核心势的粒子-粒子相互作用
• 中性粒子和带电粒子的任意混合
• 输出到 .xyz 和 .pqr 文件
• 命令行界面
• 偶极矩分析
• 外部电场诱导任意片
• 使用谐波势约束到目标偶极矩
• 用 Rust 编写
• 使用 uon 进行维度分析
• IO 错误处理
• 单元测试
• 日志支持

动机

除了某些科学用途外，该项目主要是 Rust 编程语言的一个入门。