挂载站点扫描模块

此模块用于扫描给定结构中所有可能的挂载位点，并报告位点的位置和配位数。

输入

模块的输入包括

1. 一个结构，以 .cell 格式。
2. 所需的键合距离，以埃为单位。

输出

位点和配位数的 xyz 坐标表。

开发

• 读取 cell
• 使用 kd-tree 分析结构
• 通过给定的键合距离搜索每个原子的周围空间
• 3D 几何问题
  • 球-球相交的表示：圆形曲线
  • 曲线相交的求解：两点
• 整个相交确定工作流程
  • 为 kd-tree 中的每个坐标点构建球体
  • 迭代球体 kd-tree，检查相交，构建圆
  • 从圆的 kd-tree 中，找到圆与圆之间的交点
  • 每个找到的点将被添加到一个带有计数索引的 vec 中，如果下一个找到的圆与圆之间的交点与前一个找到的点重复，则添加计数索引。
  • 总结球体、圆和点的数量。球体-1 C.N.，圆-2 C.N.，点-至少 4
• 将键合长度限制为 2 Å？否则结果将不实用。
• 以更详细和合理的方式报告
• 打包

错误调查

• 圆的交点错误（已于 5 月 2 日修复）
• 检查是否需要考虑更多与坐标等距离/近距离的球体/圆/点，而不仅仅是找到每个坐标最近的点。（已于 6 月 10 日完成）
  • 球体阶段：使用 2 倍的所需键合距离
  • 圆阶段：迭代。
• 键合长度包括元素的原子半径：使用 Materials Studio 的键合标准来排除不切实际的键合可能性。（已于 6 月 10 日完成）
• 将键合长度限制为 2-3 Å？或由容差决定，如 Material Studios：理想键合长度 *min_tolerance < ideal键合长度 < ideal键合长度 *max_tolerance（已于 6 月 10 日完成）
• 可能需要“黑名单”来避免考虑不切实际的键合组合。（6 月 12 日）