castep-model-core

此crate用于解析/编辑/导出用于在castep中执行任务和与Materials Studio兼容的3D原子模型的基本功能。这是我研究如何用Rust编写处理实际问题的项目，以及3D原子数据如何在castep和Materials Studio之间流动。开发状态取决于我在日常工作中遇到的需求和挑战。

设计

数据

• 摘要
  • 晶格矢量
  • 原子
    • 元素符号
      • 其他信息（由castep-periodic-table提供）
        • 自旋
        • lcao
        • 使用的势能
        • 质量
    • 原子序数
    • 笛卡尔坐标
    • 分数坐标
    • id
  • 键（可选）
• 具体
  • msi
  • 单元

进度

crate现在支持从

1. .msi：Cerius 2格式读取

crate现在支持写入

1. .cell：种子输入文件，包含晶格描述、原子和运行castep任务所需的必要设置
2. .msi

利用泛型编程来处理不同格式之间的交互和转换。

特性

1. 现有.msi格式模型文件的I/O。然而，目前原子解析格式是严格的。
2. 在模型中编辑原子和晶格信息。
   1. 编辑元素信息、目标原子的原子ID和xyz坐标。
   2. 读取/写入晶格矢量。
3. 模型的几何变换
   1. 平移到所需位置
   2. 绕轴角定义旋转。
4. 导出CASTEP任务的种子文件，包括
   • *.cell - CASTEP任务所需的文件。可以使用许多简单轻量级的模型查看软件进行可视化。例如 VESTA。
   • *.trjaux，*.kptaux
   • *.参数
   • *.msi - 可以在 Materials Studio 中进行可视化。
   • 复制用于 CASTEP 独立模式的势文件。（势文件未提供，也未包含在此存储库和库中）
   • 杂项文件。
   • 自动生成一个 perl 脚本来指导 Materials Studio 从 .msi 生成 .xsd。