Castep-model-generator-backend

用于编辑和生成与CASTEP和Materials Studio兼容的晶格3D模型的Rust后端库。

相关项目

1. castep-model-core

简介

此库100%使用rust编写。目前，它具有以下功能

1. 将任何分子放入晶格，并提供必要的信息
   1. 用于与晶格协调的原子数量和身份。
   2. 用于确定3D空间中分子方向的几何信息。
2. 导出CASTEP任务的种子文件，由castep-model-core支持
3. 并行批量处理模型编辑、分子放置到晶格和导出，由rayon支持。
   • 迭代的具体工作流程由你自己实现。
4. 可通过YAML格式文件进行配置。

使用YAML文件进行配置

此库旨在通过特定的YAML文件进行控制。您也可以在您的crate中硬编码必要的信息。

项目级别：用于项目级别控制的YAML文件提供以下字段

1. base_model_loc：基本模型msi文件的路径。此晶格模型用于随后的批量编辑和吸附剂放置。
2. element_table_loc：元素表YAML文件的路径。它将包含项目中涉及到的元素。
3. adsorbate_table_loc：吸附剂信息YAML文件的路径。它记录处理吸附剂放置所需的信息。
4. potentials_loc：CASTEP势文件的目录路径。
5. export_loc：导出结果的位置。
6. coord_sites：一个记录将用于晶格模型的目标配位位点的数组。例如，其格式如下

   coord_sites:
       - name: c1
       atom_id: 41
       - name: c2
       atom_id: 42
   

   《name》字段用于为导出的模型命名。《atom_id》字段与《msi》文件中的id一致，且从1开始编号。
7. coord_cases：您将描述晶格和吸附剂之间可能的配位情况。目前，该库设计用于处理最多有两个配位原子的案例。例如

   coord_cases:
   - name: double
       cases: [[41,42], [42,54], [54,53], [53,52], [41, 40], [41, 73], [42, 73]]
   - name: single
       cases: [[41, null], [42, null], [54, null], [53, null], [52, null], [40, null], [73, null]]
   

吸附剂信息

此《YAML》文件描述了关于吸附剂的必要信息，这对于吸附剂在晶格上的放置工作流程至关重要。

示例结构

directory: C2_pathways_ads
Adsorbates:
  - name: CO
    coordAtomIds: [1]
    stemAtomIds: [1,2]
    # planeAtomIds missing since it has only two atoms
    # plane_angle missing since it has only two atoms
    stem_coord_angle: 90.0
    bSym: false
    upperAtomId: 2
    atomNums: 2
    pathName: ethylene
  - name: CHO
    coordAtomIds: [1]
    stemAtomIds: [2, 3]
    planeAtomIds: [1, 2, 3]
    plane_angle: 90.0
    stem_coord_angle: 90.0
    bSym: false
    upperAtomId: 2
    atomNums: 3
    pathName: ethylene

directory字段告知代码在哪里定位吸附剂的《msi》文件。《pathName》字段帮助代码找到吸附剂：目前，这个库设计为根据以下路径查找吸附剂：./{directory}/{pathName}_path/{adsorbate_name}.msi。