Lib.rs

Cheminée

化学搜索栈。索引化学结构并包含任意额外的属性。搜索速度快，调用者不需要 RDKit。

• RDKit 提供 smarts
• Rust 提供类型安全和相对易用性

有关绑定如何工作的更多信息，请参阅 rdkit-sys。

在 Rust Stabe 1.76 上测试（rustup default 1.76）

预期功能

Cheminée 预计将通过 CLI（例如，用于诊断）和 API 端点工作。"子结构搜索"是第一个预期功能，但 Cheminée 最终将支持"超结构搜索"、"相似性搜索"和精确匹配。除了结构搜索外，API 还支持批量标准化 SMILES 以及通过 Tantivy 索引。用户还可以通过 RDKit 化学描述符（例如："exactmw"、"NumAtoms" 等）搜索化合物。

API

要启动 API 服务器，您可以运行以下命令

cargo run --color=always --release --package cheminee --bin cheminee -- rest-api-server

测试 API 的最简单方法是浏览到 localhost:4001 并测试不同端点的功能。

此存储库还设置为在发布新版本时自动更新 Ruby gem。该 gem 是" cheminee-ruby"。这个 gem 对于在 Ruby 友好的程序环境中与 API 交互特别有帮助。

有关 gem 的工作方式的更多信息，请参阅 cheminee-ruby。

CLI

假设化合物已存在于索引路径中，您可以通过以下方式搜索

基本搜索

例如

 cargo run -- search -i "/tmp/cheminee/scaffolds-index0" -q "exactmw: [10 TO 10000] AND NumAtoms: [8 TO 100]" -l 10

在此，"i" 指索引路径，"q" 指化学描述符值的组合查询，"l" 指期望的结果数。

子结构搜索

例如

cargo run -- substructure-search -i /tmp/cheminee/scaffolds-index0 -s CCC -r 10 -t 10 -e "exactmw: [20 TO 200]"

类似于基本搜索，"i" 指索引路径，"s" 指查询 SMILES，"r" 指期望的结果数，"t" 指用于查询 SMILES 的 tautomers 数（如果适用），"e" 指额外的查询，它是与基本搜索实现中相同的化学描述符的组合查询。

发布新版本

cargo release patch --tag-prefix='' --execute