Velvet

Velvet 是一个注重用户友好性和可扩展性的经典原子模拟引擎。该项目主要是一个学习练习，但随着开发的继续，我希望实现以下目标

• 通过用户定义的插件模块实现可扩展性
• 优化单核性能，支持多线程和 SIMD
• 实现多种原子间势
• 分子动力学、蒙特卡罗和最小化程序
• 可视化工具以分析模拟结果
• 支持导入和导出流行外部格式数据

入门

先决条件

Velvet 可选支持写入 HDF5 格式的结果。如果这是您首选的格式，您将需要在本机上安装 libhdf5。可以使用您选择的包管理器安装此库，或者直接从源 此处 下载。

• HDF 组 - 官方 HDF5 组织

安装（从源代码）

要构建 Velvet，您需要在您的计算机上安装 Rust 编译器和包管理器。大多数平台的说明可以在 此处 找到。

• rustc - Rust 编程语言的编译器
• Cargo - Rust 编程语言的包管理器

1. 克隆仓库

$ git clone https://github.com/seatonullberg/velvet && cd velvet

2. 确保所有测试都通过

$ cargo test --workspace

3. 以发布模式构建

# without optional dependencies
$ cargo build --release

# with HDF5 dependency
$ cargo build --release --features hdf5-output

# with rayon multithreading enabled
$ cargo build --release --features rayon

用法

在 examples 目录中包含使用 velvet 包直接在代码中配置模拟的示例。在 scripts 目录中包含用于可视化每个示例结果的 Python 脚本。

路线图

请参阅 公开问题、FEATURES.md 和 CHANGELOG.md，以查看计划或建议的功能（以及错误修复）。

常见问题解答

问：为什么叫“Velvet”？

A: "Velvet" 是由 Velocity Verlet 组合而成，这是分子动力学模拟的基础算法。

许可证

在 MIT 许可证下分发。更多信息请参阅 LICENSE。

致谢

• Lumol - 通用可扩展分子模拟引擎