#preprocessor #single-cell #rna-seq

bin+lib seq_geom_parser

用于解析单细胞测序库几何规范的小巧 crate

6 个版本

0.3.0 2023 年 4 月 6 日
0.2.1 2023 年 3 月 19 日
0.1.3 2023 年 3 月 7 日
0.1.1 2023 年 2 月 3 日

#preprocessing 中排名第 7

每月下载 25
用于 2 crates

自定义许可证

30KB
516

seq geom parser

这是一个 rust crate,用于解析序列片段几何描述语言(FGDL)。该语言用于描述不同测序技术的“几何”特性,即测序读取中不同位置和模式如何编码关于片段起源的信息(例如,细胞条形码和独特的分子标识符)。

有关 FGDL 及该语言的正式规范,请参阅此处。


lib.rs:

这是一个用于解析和解释序列片段几何规范的 crate,规范语言为序列 片段几何描述语言(FGDL)。FGDL 描述了测序片段的布局以及序列的不同部分如何对应技术标签或生物序列。它提供了一个标准且统一的方式来表示许多不同测序协议中使用的序列布局,目前着重于表示不同的单细胞测序化学。

此 crate 提供了解析这些描述的库,以及用于在内存中表示它们的结构,还有一些用于转换和打印它们的常用特性。

依赖关系

~2.2–3MB
~59K SLoC