GFF_DIFF

一个用于生成两个 GFF3 文件之间差异（JSON 格式）的工具，用 Rust 编写。

安装 Rust

查看说明，或者直接运行

curl https://sh.rustup.rs -sSf | sh

编译工具

使用git clone https://github.com/magnusmanske/gff_diff.git获取工具源代码，然后使用

cargo build --release

来构建二进制文件（target/release/gff_diff）。

用法

要比较original.gff和modified.gff，使用

gff_diff original.gff modified.gff

输出格式

输出是一个 JSON 结构。将original.gff转换为modified.gff所需的变化位于{"changes":[]}数组中的对象。每个对象都有一个action、一个what和一个id键。《what》可以是《row》（GFF 文件中的一行，由《id》表示）或《attribute》（行的最后一列）。

action可以是

• add / remove 用于 what=attribute
• add / remove / update 用于 what=row

对于 what=row / action=update，存在 key 和 value 键，表示应更改的内容。key 可以是 seqname、source、feature_type、start、end、score、strand 或 frame 之一。value 是表示给定键的新值的字符串。

对于 what=row / action=add/remove，一个 data 键包含一个表示要添加或删除的整个行的 JSON 结构。

对于 what=attribute / action=add/remove，存在 key 和 value 键，表示应添加到或从属性键中删除的值。