EZAIMD

命令行工具，允许用户轻松运行与 Gaussian16 量子化学软件包接口的从头分子动力学 (AIMD)。

配置

EZAIMD 需要使用配置文件，该文件必须命名为 config.yaml，位于模拟的根目录中。此配置用于生成量子化学软件包 Gaussian16 的输入。下面给出一个示例配置

config.yaml

---
mem: "140GB"
cpu: "0-47"
gpu: ~
checkpoint: "output.chk"
key_words: "#p WB97XD/Def2tzvpp SCF=XQC force"
title: "single point"
charge: 0
multiplicity: 1

注意：为了成功进行模拟，必须使用 force 关键字！

设置模拟

模拟需要两个项目：配置和有效的 Gaussian16 输出文件。有效的输出文件将包含标准取向下的分子坐标。如果输出文件中存在多个有效坐标，则将使用最后一组坐标。如果无法读取原子信息，EZAIMD 将引发错误。

一旦满足要求，可以使用以下命令开始默认设置模拟：

EZAIMD [Gaussian16 输出文件]

这将开始一个模拟，

时间步长：1fs

步数：10000

选项

用户有多种选项可用。

--freeze：在模拟期间冻结请求的原子。

示例

--freeze 1-10,90-100 将冻结原子 1-10 和 90-100。

--time-step：更改模拟的时间步长，以飞秒为单位。

示例

--time-step 0.1 将时间步长从默认值 1fs 更改为 0.1fs。

--num-steps：更改模拟步数。需要整数值。

示例

--num-steps 50000 将步数从默认值 10000 更改为 50000。

--restart：从 save.json 重新启动模拟。不接受任何参数。

示例

--restart 将从模拟期间生成的 save.json 文件中重新启动模拟。

整合所有内容

例如，要运行一个步长为0.5fs，持续10000步的模拟，并固定原子1-4，6-10，12-25，可以使用以下命令

EZAIMD [Gaussian16 输出] --时间-步骤0.5 --冻结1-4,6-10,12-25

如果上述模拟未在指定时间内完成，可以按以下方式重新启动此模拟

EZAIMD [Gaussian16 输出] --重新启动