16 个版本 (4 个重大更新)
| 0.5.5 | 2024年7月31日 |
|---|---|
| 0.4.2 | 2024年5月16日 |
| 0.3.0 | 2024年2月22日 |
| 0.2.0 | 2023年12月26日 |
#414 在 编码
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zarrs_tools
使用 Rust crate 创建和操作 Zarr v3 数据的多种工具。
更改日志可以在 此处 找到。
工具
所有工具都支持 Zarr V3 数据的输入和输出。一些工具还支持 Zarr V2 的 V3 兼容子集的输入。
- zarrs_reencode：重新编码数组。操作块大小、分片大小、编解码器、填充值、块键编码分隔符和属性。
- zarrs_filter（功能
filter）：将简单的图像过滤器（变换）应用于数组。 - zarrs_ome（功能
ome）：将数组转换为 OME-Zarr 多尺度图像。- 支持 OME-Zarr
0.5-dev（作为 Zarr V3）和0.5-dev1。第一个被 Neuroglancer 识别。
- 支持 OME-Zarr
- zarrs_info（功能
info）：返回与数组相关的元数据信息或数组的范围/直方图。 - zarrs_binary2zarr（功能
binary2zarr）：从管道中的二进制数据创建数组。 - zarrs_ncvar2zarr（功能
ncvar2zarr）：将 netCDF 变量转换为数组。
请参阅docs/获取工具文档。
zarrs基准测试
- zarrs_reencode：适用于往返基准测试。
- zarrs_benchmark_read_sync (特性
benchmark)：基准测试zarrs同步API。 - zarrs_benchmark_read_async (特性
benchmark)：基准测试zarrs异步API。
有关一些基准测试结果，请参阅docs/benchmarks.md。
安装
来自crates.io
cargo install --all-features zarrs_tools
来自源代码
cargo install --all-features --path .
# cargo install --all-features --git https://github.com/LDeakin/zarrs_tools
启用SIMD内嵌函数
启用avx2/sse2（如果支持）可以改善编码和解码性能。
可以通过以下方式之一启用：
RUSTFLAGS="-C target-cpu=native"RUSTFLAGS="-C target-feature=+avx2,+sse2"
启用非默认的zarrs编解码器
可以通过传递特性标志启用非默认的zarrs编解码器（请参阅zarrs crate features）。例如
cargo install zarrs_tools --all-features --features zarrs/bitround,zarrs/zfp,zarrs/bz2,zarrs/pcodec
许可协议
zarrs_tools采用以下任意一种许可协议：
- Apache License, Version 2.0 LICENSE-APACHE 或 http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0 或
- MIT许可协议 LICENSE-MIT 或 http://opensource.org/licenses/MIT，由您选择。
除非您明确声明，否则根据Apache-2.0许可协议定义的，您有意提交的任何贡献，将根据上述方式双重许可，不附加任何额外条款或条件。
依赖关系
~26–65MB
~1M SLoC