pamly-lib

**pamly-lib** 源自最初的 pamly 项目，该项目用于全切片图像的转换、上传和查看。pamly-lib 包含 pamly rust crate 的源代码，其中 pamly 的转换工具作为 CLI。

安装和编译 Openslide

它基于 C 库 Openslide 将主要专有扫描格式转换为可访问的 sqlite 数据库。因此，请遵循 Openslide 的安装和编译说明，因为 pamly-lib 依赖于正确安装的 openslide。Mac 用户也可以通过 brew 安装。

**注意**：如果在 cargo 安装过程中找不到 openslide，可能是由于您的 PATH，例如，如果您在 Mac 上使用 brew 安装，请运行

export LIBRARY_PATH="/opt/homebrew/lib"

如果您已通过 git 仓库安装和编译，请添加 .dylib 的路径，如下所示：

export DYLD_LIBRARY_PATH="$HOME/.../openslide/builddir/src"

安装转换工具

要安装 pamly CLI，包括转换工具，请运行

cargo install pamly --features convert

如果不使用 --features convert 标志，您仍将获得 pamly 的其他功能，这些功能不依赖于 openslide，例如生成类型文件（包含诊断、染色、标签等）。

运行转换工具

要将原始 WSI 扫描转换为 .sqlite 数据库，请运行

pamly convert <Slide Path>