Lumol分子模拟引擎

Lumol是一个经典分子模拟引擎，为开发新算法和方法提供了一个坚实的基础。使用Lumol，您可以自定义模拟中所有算法的行为。添加新的力场、定制Monte-Carlo移动或分子动力学积分器既简单又有良好的文档。

Lumol的目标是灵活、可靠和可扩展。对我们来说，这意味着这款软件应该是

• 灵活的：代码可以模拟各种系统，从蛋白质到晶体，使用各种方法：分子动力学、蒙特卡罗、等等。
• 可靠的：代码经过良好的测试，不仅在函数级别，而且在模拟级别，检查系统的热力学性质；
• 可扩展的：代码是模块化的、面向对象的、有良好的文档、开源且易于阅读。

Lumol正在积极开发中，应被视为alpha软件。如果您感兴趣，有任何问题或想参与其中，您可以通过Github问题或访问项目的聊天室。

功能

• 配对、分子和静电相互作用（使用Ewald或Wolf方法）；
• 能量最小化；
• NVE、NVT和NPT系综中的分子动力学模拟；
• NVT系综中的蒙特卡罗模拟；
• 等等！更多详细信息请参阅文档

入门

Lumol提供用于运行模拟的命令行工具；以及用于使用现有构建块编写您自己的模拟算法的Rust库。

文档

文档托管在这里，分为两部分

• 用户手册包含了如何将Lumol作为命令行工具使用的信息，以及完整的输入文件文档。如果您想将Lumol作为模拟引擎使用，而不编写代码，请使用此文档。
• 要将在您自己的代码中使用Lumol作为库，我们有一个开发者文档，其中包含了所有库公共函数的文档，以及大多数函数的示例。

作为命令行工具安装

您需要一个稳定的Rust编译器，如果您还没有，请获取一个。然后，您可以通过运行以下命令下载代码、构建并安装它：

cargo install --git https://github.com/lumol-org/lumol

这将产生一个位于~/.cargo/bin的lumol二进制文件。

作为库使用

您可以将Lumol作为依赖项添加到项目的Cargo.toml中

[dependencies]
lumol = {git = "https://github.com/lumol-org/lumol"}

Lumol中实现新算法的教程即将推出。在等待过程中，您可以在这里提问。

贡献

如果您想为Lumol做出贡献，有以下几种途径：改进文档和帮助解决语言问题；在您的系统上测试代码以发现错误；添加新算法和势函数；提供功能请求。在开始新工作之前，请先和我们聊一聊，或者打开一个问题来讨论改进。我们还有针对贡献者的建议。

Lumol由Guillaume Fraux创建并维护。参与代码贡献的人员包括（按字母顺序）

• Gernot Bauer
• Guillaume Fraux
• Oscar David Arbeláez E.

许可

本软件采用BSD许可协议，请参阅LICENSE文件以获取法律文本。

除非您明确说明，否则您有意提交以包含在本工作中的任何贡献，都应按相同的BSD许可协议进行许可，不附加任何额外条款或条件。