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0.1.9 | 2023年2月21日 |
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0.1.8 | 2022年11月17日 |
#1800 在 解析器实现
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235KB
5K SLoC
imc-rs
用于访问存储在.mcd文件中的成像质谱(IMC)数据的库。提供了对文件中存储的所有通道数据、元数据和光学图像的访问。此外,还可以生成可用来在全切片成像注册工作流程中的幻灯片概述图像
。
使用Rust编写,带有Python绑定
用法
存储在*.mcd文件中的IMC数据以光谱方式存储,按仪器获取的顺序排列。这允许快速访问单个像素信息,但需要读取单个获取中的所有数据以生成单个通道图像。
此crate还提供了可选的快速访问图像数据,如下所示。首次调用此函数时,在相同位置生成临时二进制文件(.dcm),可能需要几秒钟。临时二进制文件通常比原始.mcd文件大33%。
带有快速访问图像
fn main() {
let filename = "/location/to/data.mcd";
let file = BufReader::new(File::open(filename).unwrap());
let mcd = MCD::parse_with_dcm(file, filename);
}
依赖关系
~12MB
~195K SLoC