#imaging #reading #mass #stored #format #imc #mcd

imc-rs

用于读取成像质谱(IMC)数据的库。支持.mcd格式。

9次发布

0.1.9 2023年2月21日
0.1.8 2022年11月17日

#1800解析器实现

每月25 次下载

MIT 许可证

235KB
5K SLoC

imc-rs

用于访问存储在.mcd文件中的成像质谱(IMC)数据的库。提供了对文件中存储的所有通道数据、元数据和光学图像的访问。此外,还可以生成可用来在全切片成像注册工作流程中的幻灯片概述图像

使用Rust编写,带有Python绑定

用法

存储在*.mcd文件中的IMC数据以光谱方式存储,按仪器获取的顺序排列。这允许快速访问单个像素信息,但需要读取单个获取中的所有数据以生成单个通道图像。

此crate还提供了可选的快速访问图像数据,如下所示。首次调用此函数时,在相同位置生成临时二进制文件(.dcm),可能需要几秒钟。临时二进制文件通常比原始.mcd文件大33%。

带有快速访问图像

fn main() {
    let filename = "/location/to/data.mcd";
    let file = BufReader::new(File::open(filename).unwrap());
    let mcd = MCD::parse_with_dcm(file, filename);     
}

依赖关系

~12MB
~195K SLoC