gb-io

这是一个用于解析和操作Genbank (.gb)文件的Rust库。它支持在保留功能注释的同时读取、写入和提取序列的一部分。

它应该能够处理大部分文件。欢迎反馈、改进以及任何使其卡住的.gb文件的详细信息！

示例

反转互补一个序列，保留功能注释。

extern crate gb_io;

use std::fs::File;
use std::io;

use gb_io::reader::SeqReader;

fn main() {
    let file = File::open("mg1655.gb").unwrap();
    let stdout = io::stdout();
    for seq in SeqReader::new(file) {
        let seq = seq.unwrap();
        let rc = seq.revcomp();
        rc.write(stdout.lock()).unwrap();
    }
}

Python绑定

Martin Larralde 为 gb-io 的解析器编写了 Python绑定。