fastobo-validator

OBO 产品的错误验证工具。

概述

fastobo-validator 是一个命令行工具，用于验证格式版本 1.4 的 OBO 文件是否符合最新的规范。

设置

fastobo-validator 以预构建的二进制文件形式分发到以下平台

• Linux x86-64 - 最新版本

只需下载存档，将 fastobo-validator 二进制文件解压到您的 $PATH 中的某个位置。对于其他操作系统（尤其是 Windows），您需要从源代码构建二进制文件。请确保已安装 Rust 编译器（检查安装方法），然后只需运行 cargo install fastobo-validator 将二进制文件安装到您的 $CARGO_HOME 文件夹中。

验证

必需

语法

OBO 格式版本 1.4 的语法比格式版本 1.2 更为严格，但由现代工具（如 ROBOT）生成的文件应该已经符合此版本。

基数

某些子句（如 name 或 def）在框架内只能出现固定次数。 fastobo-validator 将检查输入文档中这些子句出现的次数。

可选

ISBN 验证（-I / --ISBN）

ISBN标识符包含一个验证位，可以用于验证给定的代码而无需查询外部数据库。启用此验证检查将处理所有以ISBN为前缀的有效ISBN标识符。它不会检查以ISBN10或ISBN13为前缀的标识符。

帧重复（-d / --duplicates）

虽然OBO语法和语义没有禁止，但在OBO文档中存在相同ID的帧通常是一个错误。使用此标志验证输入中所有帧都有一个唯一的标识符。

废弃条款（-O / --obsoletion）

某些条款，如consider或replaced_by，只能在已废弃的实体的框架中出现。使用此标志检查是否确实如此。

全部检查（--all）

启用所有可选验证。请注意，在自动化环境（如CI工作流程）中使用此参数意味着，如果您在添加额外检查后更新了fastobo-validator，则您的文件可能无法通过验证。建议您仅在自行运行二进制文件时使用此标志。

用法

只需运行二进制文件针对一个或多个OBO文件

$ fastobo-validator go.obo

验证器将解析并验证每个OBO产品，并在检测到任何错误时返回非空错误代码，并为每个错误显示一个小报告。

反馈

发现了一个错误？有一个增强请求吗？如果您需要报告或询问某些内容，请访问项目的GitHub问题跟踪器。如果您正在填写有关错误的报告，请尽可能包含有关问题的信息，并尝试在简单、易于复现的情况下重现相同的错误。

关于

该项目是由Martin Larralde在BBOP团队的劳伦斯伯克利国家实验室的硕士学位实习期间开发的，在Chris Mungall的指导下。请引用此项目为

Larralde M. 开发Python和Rust库以改进本体生态系统 [版本1；未同行评审]。 F1000Research 2019，8(ISCB Comm J)：1500（海报）（https://doi.org/10.7490/f1000research.1117405.1）