fastobo-graphs

OBO图的Rust解码器和编码器。

概述

该库为开发者提供了一个实现，该实现由基因本体指定的OBO图模式，以便于使用，比OBO或OWL格式的普通本体文件更容易。

• 数据结构 - 完整的OBO图模式被复制到Rust数据结构中，具有公共字段，可以直接访问图节点。请参阅fastobo_graphs::model以查看数据结构的完整列表。
• I/O - 结构使用serde实现从YAML和JSON的序列化和反序列化。
• 错误 - 可失败的操作可以返回一个包含信息性消息以及std::error::Error实现的Error。
• 转换特质 - OBO图可以使用FromGraph和IntoGraph特质（部分）转换为和从普通OBO文档转换。

使用方法

将fastobo_graphs添加到Cargo.toml文件中的[dependencies]部分

[dependencies]
fastobo-graphs = "0.4"

然后使用 fastobo_graphs 中的顶级函数之一来加载一个序列化的 JSON 或 YAML OBO 图。

extern crate fastobo_graphs;
extern crate ureq;

fn main() {
    let response = ureq::get("http://purl.obolibrary.org/obo/zeco.json").call();

    match fastobo_graphs::from_reader(response.unwrap().into_reader()) {
        Ok(doc) => println!("Number of ZECO nodes: {}", doc.graphs[0].nodes.len()),
        Err(e) => panic!("Could not parse ZECO OBO Graph: {}", e),
    }
}

功能

以下功能默认启用，但在需要时可以禁用。

• obo - 编译 FromGraph 和 IntoGraph 特性，这些特性可以用来在 GraphDocument 和 OboDoc 之间进行转换。

反馈

发现了错误？有增强请求？如果您需要报告或询问某些内容，请前往项目的 GitHub 问题跟踪器。如果您正在填写错误，请尽可能提供有关问题的详细信息，并尝试在简单、易于复现的情况下重现相同的错误。

关于

该项目由 Martin Larralde 在 BBOP 团队 的 劳伦斯伯克利国家实验室 的硕士实习期间开发，由 Chris Mungall 指导。引用此项目如下：

Larralde M. 开发 Python 和 Rust 库以改进本体生态系统 [版本 1；未经同行评审]。 F1000Research 2019，8(ISCB Comm J)：1500 (海报) (https://doi.org/10.7490/f1000research.1117405.1)