#simulation #science #neuro-science

bin+lib cantata

将 SONATA 包神经科学模拟转换为 Arbor 模拟

1 个不稳定版本

新增 0.1.0 2024年8月22日

#1133命令行工具

BSD-3-Clause

2.5MB
2.5K SLoC

Rust 2K SLoC // 0.0% comments Python 353 SLoC // 0.1% comments

#+title: Cantata

  • 简介

将 SONATA 模拟转换为 Arbor 可以执行的格式。需要安装 Rust (包括 Cargo)、Python 和 Arbor (v0.10.0)。

设置 #+begin_src shell

rustup update pip install numpy cbor2 pandas matplotlib arbor git clone https://github.com/thorstenhater/cantata.git #+end_src

运行测试 #+begin_src shell

cd cantata cargo run -- build path/to/sonata/simulation.json out-dir cd out-dir python3 main.py #+end_src

这将执行转换并在输出目录 out-dir 中创建一个可工作的模拟(希望这是一个 alpha 级别的项目)。运行模拟将在 out-dir/out 中生成请求的输出( spikes 和 traces)。您可能需要调整模拟。

依赖项

~7–14MB
~160K SLoC