rust_abf

Rust ABF 读取器

这是一个 Rust 项目，提供了一种快速且内存高效的读取 ABF（Axon 二进制格式）文件的方法，这种格式在电生理学中常用。

功能

• 快速读取：利用优化算法快速解析 ABF 文件。
• 低内存占用：在处理大型 ABF 文件时最小化内存使用。
• 最小依赖：努力保持依赖项轻量。
• 易于使用：提供简单的 API 读取 ABF 文件。

使用方法

1. 如果您还没有安装 Rust 和 Cargo，请先安装它们。

2. 将此库添加到您的 Cargo.toml 或使用 cargo add rust_abf

3. 在您的 Rust 代码中

   use std::path::Path;
   use rust_abf::Abf;
   
   fn main() {
       let abf = Abf::from_file(Path::new("tests/test_abf/14o08011_ic_pair.abf")).unwrap();
       match abf {
           Ok(abf) => {
               let channels_count = abf.get_channels_count();
               let sweeps_count = abf.get_sweeps_count();
               println!("There are {:?} channels and {:?} sweeps", channels_count, sweeps_count);
               (0..channels_count).for_each(|ch| {
                   (0..sweeps_count).for_each(|s|{
                       let data = abf.get_sweep_in_channel( s, ch).unwrap();
                       println!("First 10 elements from ch {:?} and sweep {:?}: {:?}", ch, s, &data[0..10]);
                   });
               });
           },
           _ => println!("File not found"),
       }
   }
   

如果您更喜欢在通道上工作，您可以使用以下代码直接访问它们

    ...
    let ch0 = abf.get_channel(0).unwrap();
    println!("Channel 0 has the following unit of measurement {:?} and the following label {:?}", ch0.get_uom(), ch0.get_label());
    for s in 0..abf.get_sweeps_count() {
        let data = ch0.get_sweep(s).unwrap();
        println!("Sweep {:?} has {:?} points", s, data.len());
    }
    ...

您也可能更喜欢以下更函数式的方法

    ...
    abf.get_channels()
        .for_each(|channel| {
            channel.get_sweeps()
            // take only the Some values
            .flatten()
            .for_each(|sweep| println!("First 10 elements {:?}, the unit of measurement is {:?}", &sweep[0..10], channel.get_uom()))
        });
    ...

贡献

欢迎贡献！如果您遇到问题或有建议，请打开一个问题或提交一个 pull request。

许可证

本项目采用 MIT 许可证。有关详细信息，请参阅 LICENSE 文件。