12 个版本

0.5.3	2024年2月22日
0.5.2	2024年2月22日
0.5.1	2021年6月24日
0.4.0	2021年6月18日
0.1.0	2021年4月20日

9 在 #phylogeny 中

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CECILL-2.1

105KB
305 行

rectree3

已废弃：请参阅 'thirdkind'！

https://github.com/simonpenel/thirdkind

构建 3 级协调的 svg 表示，作为基因/寄生虫/宿主

仍在开发中

关键词：系统发育，协调树，系统发育树

格式和输入文件

输入格式为 recPhyloXML

程序需要 2 个输入文件：一个用于基因/寄生虫协调，一个用于寄生虫/宿主协调。

输出示例

程序创建 7 个输出文件，包括 2 个文件显示 3 个级别全部内容

mapped_1.svg 显示在 "pipe" 寄生虫树内的协调基因树。 "pipe" 树以类似简单 phyloXML 格式显示转移的方式显示宿主中的复制、丢失和转移。

https://raw.githubusercontent.com/simonpenel/rectree3/df6be6460cdacff21d06d72934828d0d1b422fe5/mapped_1.example.svg

mapped_2.svg 显示在 "pipe" 宿主树内的协调寄生虫树。基因之间的转移映射到寄生虫树并显示

https://raw.githubusercontent.com/simonpenel/rectree3/f609d9abc0819e0655b7b978dfc7eae2a23ea772/mapped_2.example.svg

安装

rectree3 用 Rust 编写。代码使用 Cargo 管理，并在 crates.io 上发布。

安装 cargo

curl https://sh.rustup.rs -sSf | sh

或 Windows 上的安装请参阅 https://doc.rust-lang.net.cn/cargo/getting-started/installation.html

一旦 Cargo 安装完毕，只需打开一个终端，输入

cargo install rectree3

您也可以从源代码安装。在此处克隆或下载源代码 https://github.com/simonpenel/rectree2svg 并输入

cargo build --release
target/release/rectree3 -h

运行二进制文件

用法

rectree3 -f parasite host input file -g  gene parasite input file [-b][-c config file][-h][-i][-I][-L][-o output file][-r ratio][-v]
-b : open svg in browser
-c configfile: use a configuration file
-h : help
-i : display internal gene nodes
-I : display internal species nodes
-L : display as landscape
-r ratio : set the ratio between width of species and gene tree.
           Default 1.0, you usualy do not need to change it.
-v : verbose

示例

rectree3  -f recphyl_examples/test1_mult_parasite/rechp_dtl.recphyloxml -g  recphyl_examples/test1_mult_parasite/recgs_mult_host_dtl.recphyloxml -i -b

您将在 recphylo_examples 目录中找到几个输入文件示例。