rectree2svg

已废弃：请参阅 'thirdkind'！ https://crates.io/crates/thirdkind

https://github.com/simonpenel/thirdkind

使用事件（丢失、复制、物种形成、转移）构建系统发育树（或未重建）的 svg 表示形式。

读取 recphyloxml 文件：创建基因树（们）和相关物种树的 svg 表示形式。

读取 newick（仅根树）或 phyloxml 文件：仅创建基因树的 svg 表示形式。

关键词：系统发育、重建树、系统发育树

格式

phyloXML、recPhyloXML、根 newick（NHX 标签将不予考虑）。

输出示例

多个基因的 reconciliation recphyloxml

https://raw.githubusercontent.com/simonpenel/rectree2svg/684e2ecccf04408cf15815e3fb71bbeebfa19d12/tree2svg.example.svg

recphyloxml 中的单个基因 reconciliation

https://raw.githubusercontent.com/simonpenel/rectree2svg/5e23e92396d44a68337b33c579f2d9d372d18b4d/FAM000696_reconciliated_recphyloxml.svg

相同基因 reconciliation 在 phyloxml 中

https://raw.githubusercontent.com/simonpenel/rectree2svg/9244f3136961f909fd7b33818f0a220e3f32c880/FAM000696_reconciliated_xml.svg

具有冗余转移的多个基因树。仅显示 1 个基因树和根据转移丰度显示的转移

https://raw.githubusercontent.com/simonpenel/rectree2svg/f9ee031fa23b815ff7cc7298fd0dc4fb45707d53/transfers_abundance.svg

安装

rectree2svg 使用 Rust 编写。代码使用 Cargo 管理，并在 crates.io 上发布。

安装 cargo

curl https://sh.rustup.rs -sSf | sh

或对于 Windows，请参阅 https://doc.rust-lang.net.cn/cargo/getting-started/installation.html

安装完 Cargo 后，只需打开终端并输入

cargo install rectree2svg

您也可以从源安装。在此处克隆或下载源代码 https://github.com/simonpenel/rectree2svg 并输入

cargo build --release
target/release/rectree2svg -h

运行二进制文件

读取 newick、phyloxml 或 recPhyloXML 文件并创建 svg。

格式根据文件名猜测（默认为 newick）

用法

rectree2svg -f input file [-b][-c config file][-F format][-g #][-h][-i][-I][-l factor][-o output file][-p][-r ratio][-s][-v]

-b : open svg in browser
-c configfile: use a configuration file    
-F phylo/recphylo: force format phyloXML/recPhyloXML
-g <n> : display the gene #n in phyloxml style (no species tree)
-h : help    
-H height : multiply the tree height by factor 'height' (default 1.0)
-i : display internal gene nodes
-I : display internal species nodes
-J : with option -t, display the abundance of redudant transfers
-L : display as landscape
-l factor: use branch length, using the given factor
-o outputfile : set name of output file    
-O switching nodes in order to minimise transfer crossings (under development)
-p : build a phylogram   
-r ratio : set the ratio between width of species and gene tree.
           Default 1.0, you usualy do not need to change it.
-s : drawing species tree only    
-S : display node support
-t <t> : redudant transfers are displayed as one, with opacity according to abundance and only if abundance is higher tan t. Only one gene is displayed.
-T <n> : with option -t, select the gene to display
-v : verbose   
-W width : multiply the tree width by factor 'width' (default 1.0)

输入格式根据文件扩展名猜测:

- .phyloxml    => phyloXML
- .xml         => recPhyloxml
- .recphyloxml => recPhyloXML
- .recPhyloXML => recPhyloXML
- .recphylo    => recPhyloXML
- any other    => newick

您可以在newick_examples、recphylo_examples和xml_examples目录中找到多个输入文件示例。

配置文件

您可以使用-c选项配置svg的一些功能。

默认值是"config_default.txt"文件的值。

修改默认值并将其保存到"my_config.txt"，然后输入

rectree2svg -f recphylo_examples/FAM000600_reconciliated_big.recphylo -c my_config.txt -b

使用API

rectree2svg使用light_phylogeny软件包

https://crates.io/crates/light_phylogeny

源文档

请参阅Rust文档: https://docs.rs/rectree2svg/

recPhyloXML文档

请参阅 http://phylariane.univ-lyon1.fr/recphyloxml/

recPhyloXML论文: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6198865/

phyloXML文档

请参阅: http://www.phyloxml.org/

phyloXML论文: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2774328/

开发中

• 允许2/3个协调级别（宿主/物种/基因）

许可证

CECILL: https://choosealicense.com/licenses/cecill-2.1/