#graph #de #node #edge #arc #list #bruijn

app node-to-arc-centric-dbg

将BCALM2输出的以节点为中心的de Bruijn图转换为以弧为中心的de Bruijn图(边列表形式)

5 个稳定版本

3.0.1 2023年9月6日
2.0.1 2023年7月31日
2.0.0 2023年6月1日
1.0.0 2023年5月23日

#185 in 科学

BSD-2-Clause

19KB
432 代码行

node-to-arc-centric-dbg

将节点中心的DBG转换为弧中心的DBG。目前输入是BCALM2 fasta格式,输出是边列表,前面是节点数。弧中心化的DBG以“双重”形式表示,即每个二元节点由一对节点表示,每个二元弧由一对弧表示。作为例外,自补弧折叠成单个弧。边列表有列 <node1> <node2> <weight> <mirror_node1> <mirror_node2> <sequence>。镜像节点是对应弧的逆补序列的节点。请注意,可能存在并行弧,所以这不足以识别逆补弧。

依赖项

~21–32MB
~485K SLoC