5 个稳定版本
3.0.1 | 2023年9月6日 |
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2.0.1 | 2023年7月31日 |
2.0.0 | 2023年6月1日 |
1.0.0 | 2023年5月23日 |
#185 in 科学
19KB
432 代码行
node-to-arc-centric-dbg
将节点中心的DBG转换为弧中心的DBG。目前输入是BCALM2 fasta格式,输出是边列表,前面是节点数。弧中心化的DBG以“双重”形式表示,即每个二元节点由一对节点表示,每个二元弧由一对弧表示。作为例外,自补弧折叠成单个弧。边列表有列 <node1> <node2> <weight> <mirror_node1> <mirror_node2> <sequence>
。镜像节点是对应弧的逆补序列的节点。请注意,可能存在并行弧,所以这不足以识别逆补弧。
依赖项
~21–32MB
~485K SLoC