#bio #decoder #transmission #format #encoder #codec #macromolecular

mmtf

大分子传输格式(MMTF)解码器和编码器

2个版本

使用旧的Rust 2015

0.1.1 2018年3月16日
0.1.0 2018年3月10日

#21 in #bio

Apache-2.0

58KB
1K SLoC

mmtf-rs

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Build Status Cargo Docs.rs Crates.io

大分子传输格式(MMTF)的解码器和编码器

大分子传输格式(MMTF)是一种生物结构的二进制编码。它包括坐标、拓扑和相关数据。具体来说,mmCIFPDB 文件中的大部分数据可以表示。目标是一个较小的文件大小,以便在互联网或从硬盘到内存中高效传输,以及快速的解码/解析速度。此外,该格式旨在易于理解和实现,以促进其传播。

有关更详细的信息和规范,请参阅他们的官方文档

此crate使用Rust的MessagePack的序列化和反序列化,以及与Serde的集成,为MMTF结构提供简单且易于使用的解码器和编码器

示例

解码器

extern crate mmtf;
use std::fd::File;

let file = File::open("/path/to/file.mmtf");
let mmtf = Mmtf::from(file);

待办:编码器

待办

  • 编码器

许可证:Apache-2.0

依赖关系

~1.3–2MB
~42K SLoC