anndata-rs：一个用于读取 h5ad 格式数据的 Rust/Python 包

动机

该库的目标是通过提供一个离核 AnnData 实现来补充 anndata 包。

与 anndata 包中的 backed 模式不同，anndata-rs 的 AnnData 对象是完全受支持的，并且始终与硬盘上存储的数据保持同步。

以下是该实现的关键特性

• AnnData 完全由底层的 hdf5 文件支持。对 AnnData 对象的任何操作都会反映在 hdf5 文件上。
• 所有元素都是按需加载的。无论文件有多大，打开它几乎不消耗内存。矩阵数据可以通过分块访问和处理，这保持了内存使用的最低。
• 可以开启内存缓存以提高元素的重复访问速度。
• 一个 AnnDataSet 对象，可以按需连接多个 AnnData 对象。

局限性

• 只实现了 h5ad 规范的一部分。例如，不支持 .layer 和 .raw。要请求缺失的功能，请打开一个新的问题。
• 没有视图。对 AnnData 的子集将就地修改数据或创建副本。

安装

我们在此不提供安装说明。目前，此包与 SnapATAC2 包捆绑在一起。请安装 SnapATAC2 以获取这些功能。

教程

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