VTracker

用于跟踪版本间组成员资格变化之间的关系。

安装

• PyPI: pip install vtracker

用法

1. 实例化 VTracker 类，并指定从旧到新的版本。
2. 为每个唯一的实体填充跟踪器，并指定每个版本下实体的状态。缺失的版本状态为'不存在'。

以下示例生成 JSON，用于显示类似于 GTDB Taxon History 工具的以下 D3 Sankey 图表

from vtracker import VTracker

vt = VTracker(('R80', 'R83', 'R86.2', 'R89', 'NCBI'))
vt.add('G000210735', {'R80': 's__Faecalibacterium prausnitzii_B',
                      'R83': 's__Faecalibacterium prausnitzii_B',
                      'R86.2': 's__Faecalibacterium prausnitzii_B',
                      'R89': 's__Faecalibacterium prausnitzii_G',
                      'NCBI': 's__Faecalibacterium prausnitzii'})

vt.add('G003287485', {'R89': 's__Faecalibacterium prausnitzii_G',
                      'NCBI': 's__Faecalibacterium prausnitzii'})

vt.add('G003287505', {'R89': 's__Faecalibacterium prausnitzii_G',
                      'NCBI': 's__Faecalibacterium prausnitzii'})

vt.add('G003293635', {'R89': 's__Faecalibacterium prausnitzii_G',
                      'NCBI': 's__Faecalibacterium prausnitzii'})

vt.add('G003508795', {'R80': 's__Faecalibacterium prausnitzii_B',
                      'R83': 's__Faecalibacterium prausnitzii_B',
                      'R86.2': 's__Faecalibacterium prausnitzii_B',
                      'R89': 's__Faecalibacterium prausnitzii_G'})
                      
sankey_json = vt.as_sankey_json()