TimsRust

一个用于读取Bruker TimsTof数据的crate。

安装

将此crate添加到您的 Cargo.toml

[dependencies]
timsrust = "x.x.x"

用法

TimsRust旨在作为库使用，而不是作为独立的应用程序。例如，在Sage中可以找到如何使用它的示例。

基本用法

TimsRust通过以下两种主要数据类型公开

• Spectra：表示给定前体mz值的强度的一种传统表示。
• Frames：单个TIMS洗脱（即在特定的保留时间）记录的所有数据。

文件格式

支持两种文件格式

• TDF - 包含以下内容的Bruker .d文件夹

  • analysis.tdf
  • analysis.tdf_bin

• miniTDF - ProteoScape优化的Bruker文件格式。与TDF类似，miniTDF由多个文件组成：一个二进制的'.bin'文件和一个索引的'.parquet'文件。文件名遵循以下约定：<producing-engine-name>.<domain-name>.<extension>。例如，对于MS2光谱信息：<producing-engine-name>.ms2spectrum.<extension>。因此，在提供的ms2文件夹中应包含以下文件

  • *.ms2spectrum.bin
  • *.ms2spectrum.parquet

Python绑定

timsrust_pyo3 包是TimsRust在Python中利用性能的一个示例