Lib.rs

speedytree

Speedytree 是从大型 Phylip 距离矩阵构建系统发育树时使用邻接法的 Rust 实现。有两种策略：规范算法（类似于 QuickTree）以及类似 RapidNJ 的方法，但使用 B 树。

您可以在 这里 了解更多关于邻接法的信息。RapidNJ 算法在非常大的问题上应该更快，但会牺牲更大的内存开销。

您可能还会对关于此项目的 幻灯片 感兴趣。

基准测试

您可以使用 make benchmark 运行基准测试。例如，包含了一个小的 sth 文件，但您可能想要添加自己的。我使用的对齐文件包含在发行版的二进制可执行文件中。

测试

Speedytree 有一个测试套件，可以使用 cargo test 运行。有三种类型的测试

• 单元测试，测试单个函数。
• 集成测试，使用小矩阵测试整个程序。
• 属性测试，使用随机加法的二叉树测试程序。这些测试依赖于程序应该输出与输入相同的树。

关于命令行应用程序

安装

您可以从发行页面下载二进制文件，或者自己构建。如果您自己构建，则需要安装 Rust。然后您可以使用 cargo build --release 构建二进制文件。二进制文件将位于 target/release/speedytree。

使用方法

Speedytree 以 Phylip 距离矩阵为输入，输出 Newick 树。它可以使用如下方式

speedytree < input.phy > output.nwk

Speedytree提供了一些选项，可以用来调整输出。您可以通过运行speedytree --help来查看它们。最重要的选项包括

• -c用于设置要使用的线程数。默认情况下，它将使用1个线程。
• --naive用于使用规范实现。该算法与QuickTree等价，对于小型矩阵在实际应用中速度很快。
• --rapidnj用于使用RapidNJ启发式算法，但使用BTrees实现。
• --hybrid用于混合使用这两种算法。