#circle #transform #image #output #parameters #search #cell

bin+lib hough_circle_transform_for_cme

使用hough变换在图像中搜索圆形,并输出圆形的参数或带有绘制圆形的图像。适用于TIRF-SIM显微CME细胞过程。

4个版本

0.1.3 2020年10月21日
0.1.2 2020年10月21日
0.1.1 2020年10月20日
0.1.0 2020年10月20日

#413操作系统

MIT/Apache

3MB
993

包含 (ELF可执行文件/库, 5MB) target/release/houghse, (ELF可执行文件/库, 5MB) houghse

安装

如果您已安装 cargo

cargo install hough_circle_transform_for_cme

预编译的二进制文件在 /target/release/houghse 可用

用法

USAGE:
    houghse [FLAGS] [OPTIONS]

FLAGS:
    -h, --help         Prints help information
        --overwrite    Overwrite the output file, if it exists
    -V, --version      Prints version information

OPTIONS:
        --generate-completions <COMPLETION>    Generate shell completions (Defaults to /dev/stdout)
        --completion-path <COMPLETION_PATH>    Path for the shell completion file generation
    -f, --format <FORMAT>                      Format of the output circles is an image type output _(does not work
                                               yet... does not support writing output to an image)_
    -i, --input <INPUT>                        Image file to be searched
    -l, --limits <LIMIT>                       Limits to be applied to the search: 1) radius constraints (upper radius
                                               limit, lower radius limit) _(does not work yet...)_ 2) limit to the
                                               distance of multiple found circles _(does not work yet...)_
    -o, --output <OUTPUT>                      Image file to draw the circle to or a `txt`/`npz`/`npy` file to write the
                                               circle parameters to _(does not work yet... prints to `/dev/stdout`)_

支持输入图像的文件类型 tiffjpegpng

待办事项

  1. 实现设置一系列半径的设置

  2. 输出到图像和 npz/npy 以供numpy反序列化

  3. 基于限制而不是全局最大值找到局部最大值,以找到多个圆形

    (a)一个标志设置,用于更改所需局部最大值的显著性

  4. 补偿由于像素化(由于将圆形投影到指定半径投票的离散像素表示)导致的不同半径大小上的投票数不匹配

  5. 确定投票矩阵应该是什么,以及不同强度的不同像素的投票值(目前使用bool投票,其中每个非零像素的投票是平均分配的)

依赖关系

~22MB
~225K SLoC