Biodivine 库，用于控制参数化（部分指定）布尔网络

一个库，用于解决参数化（部分指定）布尔网络的一步、临时和永久源-目标控制。

目录结构

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├── auxiliary_scripts    # Scripts to do & process experiments
├── models               # Base experimental models
├── results              # Raw measured results from experiments
├── results_simple       # Raw measured results from experiments for simplified phenotype control procedure
└── src                  # Library source code

辅助脚本

• analyse_results.py - 一个脚本，显示关于获得实验结果的快速统计数据
• networks_sampler.py - 一个脚本，生成部分指定的证人模型的样本
• plot_results.ipynb - 一个用于可视化实验结果的 Jupyter 笔记本
• run_groups.py - 一个脚本，用于获取实验结果，在生成的模型上运行库中的方法。允许指定超时时间。

模型

用于测试库的基本模型。包含来自 CellCollective 平台的证人模型和一些参数化模型的版本。

结果

用于性能比较和一步/临时/永久源-目标控制鲁棒性指标的实验的原始未处理输出。

结果

用于表型控制的实验的原始未处理输出。

src

库的源代码。由以下 Rust 模块组成

aeon 模块

执行基本状态转换图操作的操作。

control

在可扰动图上实现控制算法。

phenotype_control

在可扰动图上实现表型控制算法。

perturbation

表示布尔网络状态转换图的数据结构，该图可进行扰动。