9个稳定版本 (3个主要版本)
4.0.0 | 2024年7月12日 |
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3.9.0 | 2024年6月21日 |
2.0.2 | 2024年5月14日 |
1.6.4 | 2023年4月10日 |
1.0.0 | 2022年4月21日 |
在#bit中排名226
每月下载量106次
用于2个crate(通过bio-seq)
19KB
323 行代码
bio-seq-derive
bio-seq-derive
是一个过程宏crate,它为bio-seq
库提供了Codec
派生宏。它允许用户从枚举中定义自定义的位打包字母表。符号的位表示是从枚举区分符派生出来的。
此crate还提供了由bio-seq
重新导出的宏dna!()
和iupac!()
,这些宏用于在编译时声明静态序列。
你可能不想直接将此crate作为依赖项包括。
有关定义自定义字母表的完整指南,请参阅bio-seq
的文档。
功能
width
属性:指定表示自定义字母表中的每个变体的位数。默认值是最佳值。alt
属性:为相同的变体定义替代位表示。display
属性:为变体设置自定义字符表示。
用法
要派生自定义编码,请使用在bio-seq
预导入中重新导出的Codec
派生宏
use bio_seq::prelude::*;
可以使用#[repr(u8)]
注释对编解码器进行注释,以便进行方便的转换。
#[derive(Clone, Copy, Debug, PartialEq, Eq, Hash, Codec)]
#[width(6)]
pub enum Amino {
#[alt(0b110110, 0b010110, 0b100110)]
A = 0b000110, // GCA
#[alt(0b111011)]
C = 0b011011, // TGC
#[alt(0b110010)]
D = 0b010010, // GAC
#[alt(0b100010)]
E = 0b000010, // GAA
#[alt(0b111111)]
F = 0b011111, // TTC
#[alt(0b101010, 0b011010, 0b111010)]
G = 0b001010, // GGA
#[alt(0b110001)]
H = 0b010001, // CAC
#[alt(0b011100, 0b111100)]
I = 0b001100, // ATA
#[alt(0b100000)]
K = 0b000000, // AAA
#[alt(0b001111, 0b101111, 0b111101, 0b011101, 0b101101)]
L = 0b001101, // CTA
M = 0b101100, // ATG
#[alt(0b110000)]
N = 0b010000, // AAC
#[alt(0b010101, 0b100101, 0b110101)]
P = 0b000101, // CCA
#[alt(0b100001)]
Q = 0b000001, // CAA
#[alt(0b101000, 0b111001, 0b011001, 0b001001, 0b101001)]
R = 0b001000, // AGA
#[alt(0b110111, 0b010111, 0b000111, 0b100111, 0b111000)]
S = 0b011000, // AGC
#[alt(0b110100, 0b010100, 0b100100)]
T = 0b000100, // ACA
#[alt(0b011110, 0b111110, 0b101110)]
V = 0b001110, // GTA
W = 0b101011, // TGG
#[alt(0b110011)]
Y = 0b010011, // TAC
#[display('*')]
#[alt(0b001011, 0b100011)]
X = 0b000011, // TAA (stop)
}
依赖项
~270–720KB
~17K SLoC