ASDB 分类处理

ASDB 的 NCBI taxdump 处理

此包旨在帮助 antiSMASH 数据库使用 NCBI taxdump 数据 来处理 NCBI taxid 查找。

该包包含一个 Rust 库以及一个命令行工具 asdb-taxa，用于管理基于 JSON 的本地缓存，允许批量数据库导入，与直接从 taxdump 文件解析相比可加速。

安装

cargo install asdb-taxa

使用方法

为了使用它，获取 最新的 taxdump 集合 并提取它。您还需要一个 antiSMASH 数据库结果 json 文件夹。

然后，您可以运行命令行工具，如

asdb-taxa init --cache asdb_cache.json --datadir path/to/asdb/jsons/ --mergeddump path/to/merged.dmp --taxdump path/to/rankedlineage.dmp

以初始化缓存，

asdb-taxa list --cache asdb_cache.json

以及列出提供的缓存内容。

有关使用库的信息，请参阅 API 文档。

许可证

在 Apache License，版本 2.0 下许可（LICENSE 或 http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0）

贡献

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